Dar 2016 metų kovą Kauno savivaldybė priėmė sprendimą dėl Kauno V.Bacevičiaus pradinės mokyklos reorganizavimo ir nutarė nekomplektuoti čia priešmokyklinės ir pradinių klasių. Planuota iki tų pačių metų rugsėjo ją prijungti prie Žaliakalnio progimnazijos.
Vienu pagrindinių tokio sprendimo motyvų tapo Kauno visuomenės sveikatos centro išvada apie pradinėje mokykloje užfiksuotus higienos normų pažeidimus.
Nustatyta, kad priešmokyklinio ugdymo klasėje kiekvienam mokiniui tenka mažesnė mokymosi vieta, nei numato teisės aktai. Taip pat konstatuoti kiti mokinių saugos bei sveikatos reikalavimų neatitikimai, mat mokykla, kurioje telpa apie 200 mokinių, nuo pat įsikūrimo veikė sename mediniame pastate, kuriam reikalinga kapitalinė renovacija.
Dėl to dar 2015-ųjų birželį patalpų patikrinimą atlikęs Kauno visuomenės sveikatos centras nustatė nemažai trūkumų bei pažeidimų ir suteikė 3 mėnesių laikotarpį jiems pašalinti, bet tai nebuvo atlikta. Galiausiai tų pačių metų spalį nuspręsta sustabdyti šios mokyklos leidimo-higienos paso galiojimą. Tai reiškė, kad ugdymo įstaiga nebegali toliau tęsti savo veiklos.
Dalis mokyklos bendruomenės nesutiko su tokiomis specialistų išvadomis ir miesto tarybos sprendimu, todėl kreipėsi į Kauno apygardos administracinį teismą su skundais. Teismui juos atmetus, mokyklos tarybos atstovai kartu su keletu mokinių tėvų dar kartą pateikė skundą apeliacine tvarka.
Teismui užteko byloje surinktų įrodymų, todėl Kauno savivaldybės sprendimai pripažinti teisėtais ir galiojančiais. Tiek Kauno apygardos administracinis teismas, tiek ir apeliacine tvarka skundus nagrinėjęs Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas (LVAT) paliko galioti tą patį sprendimą. LVAT priimta nutartis galutinė ir neskundžiama.