Ikiteisminis tyrimas pradėtas 2006 metų gruodį, kai Telšių apskrities valstybinės mokesčių inspekcijos pareigūnai, atlikę bendrovės patikrinimą, rado galimai neoficialų 2006 metų atlyginimų mokėjimo žiniaraštį. Nuo 2009 metų rugsėjo šiam ikiteisminiam tyrimui vadovavo Šiaulių apygardos prokuratūros prokuroras.
Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos Šiaulių apskrities pareigūnų atlikto ikiteisminio tyrimo metu nustatyta, kad 2006 metais UAB „Samanėlė“ direktorius A. Š. kartu su direktore ekonomikai S. J., kuri realiai vykdė bendrovės vyriausiosios buhalterės pareigas, neįformino dokumentais ir neįtraukė į bendrovės apskaitą 79 darbuotojams papildomai išmokėto, tačiau oficialiuose žiniaraščiuose neužfiksuoto darbo užmokesčio, bei 8 asmenims, su kuriais nebuvo sudarytos darbo sutartys, išmokėto darbo užmokesčio.
„Samanėlė“ neįformino apskaitos dokumentais ir neįtraukė į bendrovės apskaitą 2006 metais bendrovės darbuotojams ir neįdarbintiems asmenims išmokėto darbo užmokesčio, kurio suma - per 341 tūkst. litų, o įskaitant priskaičiuotinus mokesčius - apie 508 tūkst. litų.
Taip pat ikiteisminio tyrimo metu nustatyta, kad bendrovė valstybės institucijoms pateikė neteisingus duomenis apie pajamas, turtą, jų panaudojimą bei taip išvengė sumokėti į valstybės ir valstybinio socialinio draudimo biudžetus apie 152 tūkst. litų gyventojų pajamų mokesčio, 168 tūkst. litų valstybinio socialinio draudimo ir socialinio draudimo įmokų, per 1000 litų įmokų į Garantinį fondą, tai yra per 320 tūkst. litų mokesčių ir įmokų.