B. Gudynaitė 1953 metų spalio 15 dieną gimė
nusipelniusio meno veikėjo Prano Gudyno šeimoje. Baigė architektūros studijas 1976 m. Vilniaus inžineriniame statybos institute. Ilgametė Paminklų restauravimo instituto darbuotoja. Architektė restauratorė, įžymi Vilniaus architektūros paminklų tyrinėtoja. 1998 m. restauravimo projektų vadovė ir 2002 m. Kultūros paveldo centro projektų vadovė, nuo 2010 m. Vilniauspilių valstybinio kultūrinio rezervato direkcijos Tyrimų skyriaus vedėja. Lietuvos Respublikos restauratorių sąjungos narė. Nekilnojamų kultūros vertybių apsaugos ekspertė.
Greta praktinio darbo dirbo ir mokslinį darbą, skelbė straipsnius mokslinėje paminklų apsaugos spaudoje, rengė mokslinę studiją apie Vilniaus želdynų sutvarkymą, kurios fragmentus paskelbė mokslinėje konferencijoje „Vilnius kaip poezija“. Ypač daug dėmesio skyrė Vilniaus miesto senųjų mūrų tyrimams ir ekspertizėms.
Atsisveikinimas su architekte Birute Gudynaite nuo gegužės 31 d. 15 val. šarvojimo salėje prie Palaimintojo Jurgio Matulaičio bažnyčios Vilniuje, J. Matulaičio a. 3. Laidojama Antakalnio kapinėse birželio 1 d. Karstas išnešamas 15 val.