Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje profesorius E. Ignatonis dėstė nuo 1958 metų. Jis buvo ilgametis Pedagogikos katedros vedėjas (1974–1986), Fortepijono ir muzikologijos fakulteto dekanas (1989 –1994), mokslo ir meno prorektorius (1994 – 2005), dėstė metodikos disciplinas, vadovavo moksliniams darbams.
Muzikas parašė ir išleido knygų fortepijono meno temomis, iki paskutinės dienos rašė straipsnius, recenzijas, domėjosi įvairių sričių meniniu gyvenimu, buvo meno gyvenimo įvykių sūkuryje.