Lietuvai atgavus nepriklausomybę komandoras E.Nazelskis daug prisidėjo prie Lietuvos kariuomenės kūrimo.
Lietuvos kariuomenės atkūrimo pradžioje 1991-1992 m. komandoras E.Nazelskis buvo vienas iš pagrindinių iniciatorių ir idėjos generatorių vystant Lietuvos karinių jūrų pajėgų atkūrimo planus.
Tuo metu su Algiu Juozu Leišiu (tuomet būsimuoju pirmuoju Pakrančių apsaugos rinktinės vadu) ir kitais profesionaliais karinio laivyno karininkais dalyvavo vienoje darbo grupėje parengiant koncepcijas ir planus Lietuvos karinių jūrų pajėgų atkūrimui.
Nuo 1992 m. vasario 3 d. komandoras E.Nazelskis dirbo krašto apsaugos ministro pirmuoju pavaduotoju – inspektorium gelbėjimui ir civilinei saugai.
1997 m. rugpjūčio 1 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu įsteigus Lietuvos misiją prie NATO komandoras Eugenijus Nazelskis tapo pirmuoju Lietuvos kariniu atstovu prie NATO.
Lietuvos Respublikos Prezidentas komandoro E.Nazelskio nuopelnus įvertino valstybiniu apdovanojimu – Vyčio Kryžiaus ordino Riterio kryžiumi.
Vėliau, jau išėjęs į atsargą, darbavosi verslo srityje, buvo Lietuvos pramonininkų konfederacijos atstovu Lietuvos Respublikos Vyriausybėje ir Seime, dirbo ir skaitė paskaitas Vilniaus universiteto Tarptautinio verslo mokykloje.
Atsisveikinimas su velioniu atsargos komandoru, profesoriumi dr. E.Nazelskiu vyks Vilniuje, Lietuvos kariuomenės šv. Ignoto bažnyčios šarvojimo patalpoje:
Rugpjūčio 11 d., antradienį, nuo 10 iki 20 valandos; rugpjūčio 12 d., trečiadienį, 10.00 val. šv. Mišios už velionį Lietuvos kariuomenės šv. Ignoto bažnyčioje.
Urna su velionio palaikais išnešama 12 valandą. Laidotuvės vyks Vilniaus Kairėnų kapinėse.