Konfliktas kilo tuo metu, kai po referendumo dėl Pietų Sudano nepriklausomybės armijos daliniai pradėti skirstyti į pietinius ir šiaurinius. Padėtis Malakale susikomplikavo todėl, kad ten dislokuotame dalinyje tarnauja daug vyrų, kilusių iš pietinių Sudano rajonų. Dalis jų atsisakė vykti į šalies šiaurę. Kariškiai šaudė vieni į kitus iš minosvaidžių ir stambaus kalibro kulkosvaidžių.
„Šįryt aukų skaičius Malakale išaugo iki 20 žmonių. Šaudė abi konfliktuojančios pusės“, - cituoja naujienų agentūra Pietų Sudano armijos atstovo Philipo Aguerio žodžius.
Sausio 9-15 dienomis buvo surengtas referendumas dėl Pietų Sudano apsisprendimo. Beveik visi jo dalyviai balsavo už šalies Pietų atsiskyrimą.