Netrukus 35-ąjį gimtadienį švęsiantis gynėjas į „Žalgirį“ sugrįžta po 16 metų pertraukos. Būtent čia futbolininkas pradėjo savo karjerą.
1996 m. „Žalgirio“ gretose debiutavęs A. Skerla komandai pelnė 2 įvarčius bei padėjo iškovoti Lietuvos taurę. Tais pačiais metais jis buvo pakviestas į Nacionalinę vyrų rinktinę. Po sėkmingo sezono „Žalgiryje“ 1997 m. išvyko į Eindhoveno PSV klubą su kuriuo 1999 m. tapo aukščiausios Olandijos lygos „Eredivisie“ čempionu.
2000 metais išvyko į Škotiją ir ten net 5 sezonus atstovavo Danfermlino „Athletic“ komandai. Per šį laikotarpį gynėjas sužaidė 169 rungtynes bei pelnė 2 įvarčius. 2005 m. futbolininko karjera pasuko į Rusijos Tomsko „Tomʹ“ ekipą. Joje žaidėjas ilgai neužsibuvo, 2007 m. sugrįžo į Lietuvą ir gynė Vilniaus „Vėtros“ komandos garbę.
Po metų praleistų Lietuvoje A. Skerla sparnus pakėlė į Lenkijos Kelcų „Korona“ vienuolikę, kurioje taip pat praleido tik vieną sezoną. 2008 m. futbolininkas perėjo į kitą Lenkijos klubą - Balstogės „Jagiellonia“. Šioje komandoje patyręs žaidėjas rungtyniavo iki 2011 metų ir per šį laikotarpį pelnė 6 įvarčius. A. Skerla 2011 m. rudenį baigė karjerą Lietuvos nacionalinėje rinktinėje, jos istorijoje palikdamas ryškų savo pėdsaką.