2008 metais, Vilniaus FK „Žalgirį“ ištikus finansinei krizei, M. Čepas kartu su komandos futbolininkais ir fanais, siekdami išsaugoti „Žalgirio“ vardą, atsiskyrė nuo verslininko Vadimo Kastujevo valdomo FK „Žalgirio“ ir įkūrė Vilniaus miesto futbolo draugiją (VMFD) „Žalgirį“.
2008-2009 metais M. Čepas buvo I-oje lygoje žaidžiančio „Žalgirio“ vyr. treneriu. 2010 metais, „Žalgiriui“ patekus į A lygą, M. Čepas tapo komandos vyr. trenerio Igorio Pankratjevo asistentu, o paskutinį sezoną treniravo „Žalgiris-3“ ekipą.