LFF Pirmos lygos licencijas gavo 18 klubų ar komandų. Keturi klubai – Klaipėdos „Koralas“, Vilniaus „MRU“, Pakruojo „Kruoja“ ir FC „Pakruojis“ – licencijų negavo.
Prašymus išimties tvarka dalyvauti Pirmos lygos čempionate pateikė licencijos negavęs „Koralas“, praėjusiame sezone 16 vietoje likusi ir pagal nuostatus sportinės teisės netekusi „Minija“, o taip pat Klaipėdos „Atlantas-2“, kuris praėjusį sezoną nedalyvavo LFF varžybose. Dėl finansinių sunkumų siekio dalyvauti I lygoje atsisakė licenciją gavęs Tauragės „Tauras“.
Vykdomojo komiteto nariai sutarė, jog Pirmoje lygoje gali dalyvauti tik klubai, kurie atitinka keliamus reikalavimus ir turi licencijas, nes svarbu išsaugoti lygos integralumą, sportinį interesą tarp dalyvių ir žiūrovų susidomėjimą.
Svarsčius komandų skaičiaus klausimą pažymėta, jog didesnis skaičius nei 16 nėra optimalus ir tvarkaraščio atžvilgiu siekiant išlaikyti principą, jog I lygos rungtynės organizuojamos savaitgaliais.
Po diskusijų LFF VK balsavimu nutarė 2016 metų sezonui patvirtinti 16 dalyvių skaičių. 14 iš jų dalyvavo pirmenybėse ir praėjusį sezoną.
LFF VK sprendimu išimtis dėl dalyvavimo lygoje suteikta „Minijos“ klubui, kuris yra įgijęs licenciją ir dalyvavo praėjusio sezono pirmenybėse.
Du lygos naujokai – II lygos Rytų zonos nugalėtojas Vilniaus „Vytis“ (buvęs „TAIP“) ir II lygos Pietų zonoje antrą vietą užėmę „Kauno Žalgirio“ dubleriai Kauno „Hegelmann Litauen“ (buvęs „Spyris-2“). Pavadinimą taip pat pakeitė Alytaus „Auska“, kuri tapo Dzūkijos futbolo klubu „Dainava“.
Pirmos lygos sezono startas planuojamas kovo 26-ąją.
2016 metų LFF Pirmos lygos dalyviai – Vilniaus „Žalgiris-B“, Gargždų „Banga“, Kazlų Rūdos „Šilas“, FK „Palanga“, Kėdainių „Nevėžis“, „Trakai-2“, FK „Panevėžys“, FK „Šilutė“, Telšių „Džiugas“, Radviliškio „Lokomotyvas“, FBK „Kaunas“, Kelmės „Kražantė“, Alytaus Dzūkijos futbolo klubas „Dainava“, „Vilniaus Vytis“, Kauno „Hegelmann Litauen“ ir Kretingos „Minija“.
