Pasikeitus varžybų formatui, šį sezoną aukščiausiosios lygos ekipos, tarp jų ir nugalėtojų titulą ginantis Vilniaus „Žalgiris“ į kovas įsijungia jau nuo trečiojo etapo. Vilniečiams iš karto teko kita lygos komanda – „Kauno Žalgiris“.
Vienas trečio etapo dalyvis paaiškės šeštadienį po Vilniaus „Granito“ ir Klaipėdos „Saremos“ dvikovos.
Rungtynių šeimininkais iki finalo bus žemesnių lygų komandos, o jei lygos vienodos, šeimininkais bus pirmiau burtuose ištraukta komanda.
Visuose etapuose komandos nugalėtojas paaiškės per vienerias rungtynes, prireikus – per pratęsimą ir baudinių seriją. IV etapo (aštuntfinalio) rungtynės vyks rugpjūčio pradžioje.
2016 metų LFF taurės turnyro III etapo poros:
Vilniaus „Kruša“ (III, VRFS) – Marijampolės „Švyturys“ (III, MAFF); „Kauno Žalgiris“ (A) – Vilniaus „Žalgiris“ (A); Elektrėnų „Versmė“ (IV, SFL B) – Klaipėdos „Koralas“ (II, Vakarų); Kėdainių „Nevėžis“ (I) – Utenos „Utenis“ (A); Vilniaus „Granitas“ (III, VRFS)/Klaipėdos „Sarema“ (III, KLFF) – Kauno „Stumbras“ (A); Alytaus FA „Dainava“ (II lyga, Pietų) – „Palanga“ (I); Plungės „Babrungas“ (II lyga, Vakarų) – „Šilutė“ (I ); Vilniaus „Ateitis“ (II lyga, Rytų) – Klaipėdos „Atlantas“ (A); Kauno „Lygis“ (II lyga, Pietų) – „Trakai“ (A); Radviliškio „Lokomotyvas“ (I) – Gargždų „Banga“ (I); Vilniaus „Navigatoriai“ (III lyga, VRFS) – Vilniaus „Rotalis“ (II lyga, Rytų); Jonavos „Lietava“ (A) – Marijampolės „Sūduva“ (A); Kybartų „Sveikata“ (II lyga, Pietų) – „Panevėžys“ (I); Šiaulių „Adiada“ (III lyga, ŠAFF) – Šiaulių „Saulininkas“ (III lyga, ŠAFF); Marijampolės „Eurostandartas“ (III lyga, MAFF) – ŠFK „Radviliškis“ (II lyga, Vakarų); Alytaus DFK „Dainava“ (I) – Telšių „Džiugas“ (I).
