J.Heynckesas su „Bayern“ atsisveikino 2013 metais ir per paskutinį savo sezoną iškovojo „Trejybę“ – laimėjo Vokietijos čempionatą, taurę bei Čempionų lygą.
Tada jį pakeitė iš „Barcelona“ perėjęs Josepas Guardiola.
J.Heynckesas yra sėkmingiausias „Bayern“ treneris. Futbolo specialistas dirbs iki sezono pabaigos.
Tai jau ketvirtasis kartas, kuomet J.Heynckesas dirba su „Bayern“. Per 1987-1991 metų kadenciją jis dukart laimėjo „Bundesliga“ trofėjų. 2009 metais jis dirbo laikinuoju treneriu, kai buvo atleistas Jurgenas Klinsmannas.
Tada J.Heynckesas vadovavo tik šešiems mačams.
2011 metais po Louiso Van Galo atleidimo „Bayern“ vėl pakvietė J.Heynckesą.