Šiais metais primą kartą nuo 2017-2018 m. sezono KMT turnyre varžysis tik LKL komandos. 4–10 vietas 2020–2021 m. LKL sezone užėmusios komandos bei šiame sezone čempionato dalyvio licenciją gavusi Jonavos „CBet“ bus suskirstytos į du krepšelius ir kovos dėl patekimo į ketvirtfinalius. Toks naujas turnyro formatas buvo pristatytas ir patvirtintas dar birželio mėnesį vykusiame LKL Valdybos posėdyje.
I etapo varžybos vyks dvejose grupėse. Komandos į grupes paskirstomos burtų keliu, prieš burtų traukimą komandas paskirstant į du krepšelius:
1-ame krepšelyje: keturios LKL komandos, 2020-2021 m. sezone užėmusios 4-7 vietas: Utenos „Juventus“, Prienų „Labas GAS“, Klaipėdos „Neptūnas“ ir „Šiauliai“. 2-ame krepšelyje: keturios LKL komandos, 2020-2021 m. sezone užėmusios 8-10 vietas: Pasvalio „Pieno žvaigždės“, Alytaus „Dzūkiją“, Kėdainių „Nevėžis“. Taip pat į šį krepšelį patenka ir čempionato debiutantė Jonavos „CBet“ ekipa.
Šiose grupėse komandos žais dviejų ratų sistema (vienerias rungtynes namuose ir vienerias išvykoje). Kiekvienoje grupėje 1-2 vietas užėmusios komandos patenka į III etapą.
3-ąsias vietas grupėse užėmusios komandos tarpusavyje žaidžia dvejas rungtynes (vienerias rungtynes namuose, kitas išvykoje ir į III etapą patenka ta komanda, kurios bendras abiejų rungtynių įmestų-praleistų taškų skirtumas yra geresnis.
Pirmojo KMT etapo dvikovų pradžia numatoma 2021 m. rugsėjo 28-30 d.
