Į H grupę pateko Eurolygos čempionė Maskvos CSKA komanda su Ramūnu Šiškausku, Italijos čempionai Kšyštofo Lavrinovičiaus ir Rimanto Kaukėno Sienos „Montepaschi“, Stambulo „Fenerbahce Ulker“, Zagrebo „Cibona“.
Šarūnas Jaskevičius su Atėnų „Panathinaikos“ pateko į G grupę kartu su Malagos „Unicaja“, Romos „Lottomatica“ ir Belgrado „Partizan“.
Mindaugo Katelyno „Armani Jeans“ iš Milano susitiks su Tomo Pačėso treniruojamais Sopoto „Asseco Prokom“ krepšininkais bei Vitorijos „Tau Ceramica“ ir Pirėjo „Olympiakos“ klubais - šios komandos pateko į E grupę.
E grupė: Vitorijos „Tau Ceramica“, Pirėjo „Olympiakos“, Milano „Armani Jeans“, Sopoto „Asseco Prokom“.
F grupė: „Regal FC Barcelona“, Madrido „Real“, Tel Avivo „Maccabi“, Berlyno „Alba“.
G grupė: Malagos „Unicaja“, Romos „Lottomatica“, Atėnų „Panathinaikos“, Belgrado „Partizan“.
H grupė: Maskvos CSKA, Sienos „Montepaschi“, Stambulo „Fenerbahce Ulker“, Zagrebo „Cibona“.
Turnyro organizatoriai nusprendė, kad vienoje grupėje „Top 16“ negali būti dviejų ar daugiau komandų, kurios žaidė jau anksčiau - pirmame Eurolygos etape. Taip pat taikyti apribojimai, kad į vieną krepšelį nesukristų daugiau negu du vienos šalies klubai.
Į kitą etapą - ketvirtfinalį - iš „Top 16“ varžybų pateks aštuonios ekipos.