Dėl minėto mirties atvejo KMUK Kauno miesto apylinkės prokuratūra iškėlė baudžiamąją bylą, kurioje buvo paskirta ekspertizė ir suformuluoti tyrimui reikalingi klausimai. Rokui S. 2009 metų lapkričio 13 dieną atvykus į Kauno medicinos universitetines klinikas buvo diagnozuotas plaučių uždegimas, bet nenustatyta šio uždegimo priežastis. Gripo viruso A(H1N1) diagnozė buvo nustatyta tik vaiko mirties dieną. Paauglys, prasirgęs vos savaitę, mirė 2009 metų lapkričio 17 dieną.
Po staigios Roko S. mirties jo tėvų iniciatyva tyrimą dėl berniuko mirties pradėjo advokatų bendrija „Nordia Baublys & Partners“, kuri susidūrė su KMUK priešiška reakcija, tiriant šį atvejį. Klinikų vadovybė atsisakė pateikti kai kuriuos tyrimui reikalingus dokumentus. Buvo motyvuojama, kad gydymo įstaiga neprivalo pateikti piliečių pasamdytam advokatui dokumentų, susijusių su įstaigos organizacine veikla ir tos įstaigos atskirų darbuotojų teisėmis bei pareigomis. Tačiau advokatų bendrija toliau tęsė tyrimą ir viešojoje įstaigoje „Medicinos audito institutas“ buvo užsakytas ekspertinis tyrimas dėl asmens sveikatos priežiūros paslaugų atitikties nustatytiems asmens sveikatos priežiūros paslaugų reikalavimams Kauno medicinos universitetinėse klinikose.
Atlikto tyrimo rezultatai patvirtino, kad Rokui S., jau atvykus į Kauno medicinos universitetines klinikas, buvo išplitęs naujojo gripo virusas A(H1N1) ir, jeigu medikai būtų skyrę pakankamą dėmesį, jo būklė galėjo būti įvertinta rimčiau.
Pasak ekspertų, Roko S. būklė, net ir nenustačius gripo viruso A(H1N1) klinikos, buvo sunki ir visiškai atitiko KMUK nustatytus kriterijus, pagal kuriuos ligonis turėjo būti stacionarizuotas Vaikų intensyvios terapijos skyriuje. Nepaisant to, vaikas buvo paguldytas į KMUK I vaikų ligų skyrių, kuriam vadovavo Birutė Pundzienė, minėtų klinikų direktoriaus J.Pundziaus žmona.
Tyrimu nustatyta, kad 2009 metų lapkričio 13 dienos popietę ir naktį iš lapkričio 13-osios į 14-ąją, mirusiam berniukui nebuvo užtikrinta nepertraukiama tinkamos kvalifikacijos gydytojų sveikatos priežiūra. Po trumpos I vaikų ligų skyriaus vadovės B.Pundzienės vizitacijos, vykusios apie 16 val. po pietų, ji paliko skyrių ir daugiau nebepasirodė – net nesulaukė ir nevertino tyrimų rezultatų, nors pagal grafiką turėjo būti skyriuje ir dirbti iki 20 val. vakaro.
Miręs vaikas buvo paliktas rezidentei, kuri nesugebėjo viena įvertinti paciento kraujo tyrimo rezultato. Be to, ji nebuvo net pradėjusi bendrosios vaikų pulmonologijos rezidentūros ciklo, tačiau dirbo be rezidentūros vadovės B.Pundzienės ir su ja nesikonsultavo. Apskritai skyriuje, kuriame tuo metu gulėjo Rokas S., 2009 m. lapkričio 13 d. nebuvo nė vieno budinčio gydytojo.
Dėl šių KMUK medicinos darbuotojų padarytų pažeidimų pacientui Rokui S. nebuvo suteikta jam reikalinga intensyvi sveikatos priežiūra Vaikų intensyvios terapijos skyriuje, be to, esant aiškiam poreikiui, jis negavo deguonies, buvo paliktas be kvalifikuoto gydytojo pediatro priežiūros. Tai lėmė vaiko sveikatos būklės blogėjimą, kuris galiausiai baigėsi mirtimi.