Vilniaus universitetinė ligoninė Santaros klinikos primena, kad kol dar neįsibėgėjo Vyriausybės patvirtintas ilgalaikės SARS-CoV-2 viruso genominės stebėsenos projektas, Vilniaus universiteto ligoninė Santaros klinikos kartu su „Thermo Fisher Scientific Baltics“ Pažangių technologijų grupės mokslininku dr. Justinu Šliku ir tarptautiniais ekspertais dr. Gyčiu Dudu bei dr. Ingrida Olendraite atliko 1000 SARS-CoV-2 genomų sekoskaitą iš mėginių, surinktų gruodžio ir sausio mėnesiais Lietuvoje.
Mato aiškią naudą
Genomo sekoskaita jau dabar turėjo labai svarbios reikšmės valdant COVID-19 pandemiją. Ji padėjo:
• nustatyti, kad SARS-CoV-2 yra COVID-19 ligos priežastis;
• pradėti diegti naujus diagnostikos metodus;
• vystyti naujus gydymo metodus ir kurti vakcinas;
• nustatyti datą, kada virusas pirmą kartą pateko į žmogaus organizmą bei nustatyti viruso kilmę;
• atskirti užsitęsusią ligą nuo pakartotinio užsikrėtimo;
• ankstyvose epidemijos stadijose atskirti vietinį ligos plitimą nuo daugelio įvežtinių atvejų;
• aptikti naujas atmainas su pasikeitusiomis savybėmis;
• atpažinti virusų srautus – tarp šeimininkų, tarp geografinių vietų.
Kas matyti iš naujausių sekoskaitos duomenų?
Virusų tyrinėtojas Gytis Dudas, norėdamas apibūdinti Lietuvoje (Vilniuje) dominuojančias viruso atmainas, sako kad šiuo metu nustatomos dvi pagrindinės: B.1.1.280 (lietuviškoji) ir B.1.177 (ispaniškoji, tiksliau – pastarosios „sulietuvėjusi“ versija).
„Mano nuomone, toks ribotas dominuojančių atmainų paveikslas nėra pats blogiausias variantas, nes jis rodo, kad papildomoms į mūsų šalį pakliūvančioms atmainoms kol kas nesisekė paplisti plačiau, kitaip turėtume dar didesnę atmainų mozaiką,“ – komentuoja G. Dudas.
Pasak Daniel Naumovo, Lietuvoje dominuojančios B.1.1.280 ir B.1.177.LTU atmainos nėra labai ypatingos – tai reiškia, kad jos susirūpinimą keliančių mutacijų neturi, ko nepasakytum apie angliškąją, braziliškąją ar Pietų Afrikos Respublikos.
Kas kelia didžiausią nerimą?
G. Dudas atkreipia dėmesį į filogenetinį SARS-CoV-2 genomų medį. „Pažiūrėjus į filogenetinį SARS-CoV-2 genomų medį, galima pastebėti vieną mažą ir kol kas vienintelį šiuo metu žinomą B.1.1.7 genomą iš Lietuvos. Esame tokioje situacijoje, kur nebereikia statistinių analizių, nes tas pats paveikslas kas savaitę atsiveria ten, kur aptinkama B.1.1.7 – greitas visų prieš tai cirkuliavusių atmainų pakeitimas šia.
Tą matėme Jungtinėje Karalystėje, Danijoje, o dabar pastebime visur. Šiuo metu Europoje ~35 proc. COVID-19 atvejų šalyse, vykdančiose sekoskaitą, priklauso šiai atmainai, tad būtų naivu tikėtis, kad to nepamatysime Lietuvoje. Mažiausiai, ką galime padaryti, tai būti pasiruošę“, – mano mokslininkas.
Santaros klinikos mato didžiulį poreikį stebėti epidemiologinę situaciją, todėl ir toliau tęsia SARS-CoV-2 genomų sekoskaitą.
Tuo metu Kauno klinikose per pastarąsias savaites atlikti 32 genomo tyrimai – kitą savaitę numatoma jų skaičių didinti pagal Sveikatos apsaugos ministerijos numatytą programą. Tikimasi, kad tai pagreitins galimą naujų koronaviruso tipų, cirkuliuojančių mūsų visuomenėje, atradimą. Klinikinėje praktikoje tai leis imtis greitesnių infekcijos plitimo apsaugos priemonių ir prognozuoti mutavusio viruso pavojingumą visuomenei bei atsaką į vakcinas.
SARS-CoV-2 genomo tyrimai leidžia įvertinti, ar pacientas COVID-19 liga susirgo pakartotinai, ar atsiradę ligos simptomai – buvusios infekcijos paūmėjimas. Taip pat šie tyrimai svarbūs gydant rizikos grupėje esančius imunosupresinius pacientus, kuriems viruso RNR nosiaryklėje aptinkamas ilgą laiko tarpą (iki kelių mėnesių), ir jeigu jiems buvo taikytas naujas COVID-19 ligos gydymo metodas antikūnais prieš virusą.
Viruso genomo tyrimai – tai sudėtingas procesas, reikalaujantis aukščiausios kvalifikacijos specialistų, specifinių įgūdžių ir modernios įrangos. Praeitų metų pabaigoje Kauno klinikų Laboratorijoje per trumpą laiką įvaldyti sudėtingi tyrimų mechanizmai parodė dideles specialistų, technologijų ir įgūdžių galimybes. „Kauno klinikos, pradėjusios sistemingus koronaviruso genomo sekoskaitos tyrimus, juose įžvelgė ne tik akademinę, bet ir klinikinę, diagnostinę bei epidemiologinę naudą. Manau, kad labai svarbu, jog Lietuva turės nacionaliniu lygiu veikiančią COVID-19 ligos sukėlėjo sekoskaitos tyrimų sistemą“, – sako Kauno klinikų generalinis direktorius prof. habil. dr. Renaldas Jurkevičius.
Sekoskaitos tyrimai rodo viruso nukleorūgščių seką, o genetinė analizė leidžia įvertinti sekoje atsiradusius pokyčius – įvykusias mutacijas. „Taip galima matyti, koks viruso tipas cirkuliuoja populiacijoje. Sekoskaitos tyrimai, atlikti pasauliniu mastu, atskleidė, kad COVID-19 pandemijos pradžioje dominavęs SARS-CoV-2 tipas S evoliucionavo į agresyvesnį ir labiau prisitaikiusį plisti tarp žmonių – tipą L, vyraujantį dabartiniu metu“, – sako Kauno klinikų Laboratorinės medicinos klinikos vadovė prof. Astra Vitkauskienė.
Pagal kriterijus atrinktus COVID-19 tyrimo teigiamus ėminius iš įvairiuose skyriuose gydomų COVID-19 liga sergančių pacientų, Kauno klinikų biologai ir genetikai juos ruošia sekoskaitos procesui. „Sekoskaitos tyrimas sugeneruoja didžiulius duomenų kiekius, kuriuos apdorojame ir sudėliojame kiekvieno ėminio konkrečią viruso seką, – pasakoja Genetikos ir molekulinės medicinos klinikos vadovė prof. Rasa Ugenskienė. – Tuomet lyginame jas su kitomis, pavyzdžiui, Jungtinėje Karalystėje nustatytomis sekomis, ir ieškome viruso mutacijų“.
Kauno klinikose atliktų SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimų duomenimis ketinama dalintis ir tarptautinėse duomenų bazėse, siekiant įvertinti galimą viruso atmainų plitimą globaliu mastu.
