Siekiant didinti finansavimą krašto apsaugai, 2015 m. šiai sistemai buvo skirti 116 mln. eurų didesni valstybės biudžeto asignavimai nei 2014 m. Nuo 2015 m. Lietuvoje grąžinta ir nuolatinė privalomoji pradinė karo tarnyba. Atsižvelgiant į šias permainas, 2015 m. pabaigoje į Valstybinio audito programą buvo įtrauktas lėšų ir turto naudojimo išlaikant ir vystant karinių vienetų pajėgumus auditas. Valstybės auditoriai vertino asmenų, atliekančių nuolatinę privalomąją pradinę karo tarnybą, skatinimą, aprūpinimą, analizavo karinių vienetų žmogiškuosius išteklius. Pavyzdžiui, buvo nagrinėta, kaip kariniuose vienetuose organizuotas aprūpinimas maistu, apranga ir ekipuote, kaip valstybės biudžeto lėšos panaudojamos karinių vienetų infrastruktūros atnaujinimui. Audito metu analizuotas ir karinių vienetų modernizavimas, pajėgumų komplektavimas, valstybės turto panaudojimas ir disponavimas juo.
Auditoriai turėjo pastabų dėl lėšų naudojimo įgyvendinant mokslo tiriamųjų darbų ir eksperimentinės plėtros projektus, taip pat dėl to, kaip buvo užtikrinamas prievolės atlikti privalomąją pradinę karo tarnybą vykdymas. Krašto apsaugos ministerijai pateiktos rekomendacijos, kurios padės pašalinti pastebėtus trūkumus.
Aukščiausioji audito institucija šiuo metu atlieka strateginį tyrimą, kurio pagrindu bus sudaryta 2017 m. valstybinio audito programa. Kadangi finansavimas krašto apsaugos sistemai toliau didinamas, valstybės auditoriai skirs daugiau dėmesio jos stebėsenai. Didesnis dėmesys skiriamas toms sritims, kuriose jau įžvelgiama rizikų: pasirengimui mobilizacijai, profesinės karo tarnybos formavimo procesui, karių sveikatos priežiūros organizavimui, lėšų ir turto valdymui. 2017 m. pradžioje įvyks ir pirmieji susitikimai su kolegomis iš Vokietijos aukščiausiosios audito institucijos, su kuria sutarta bendradarbiauti ir dalytis patirtimi atliekant krašto apsaugos sistemos auditus.
