Iki 1586 m. gyvenvietėje pastatyta bažnyčia. Nuo XVIII a. miestelis ėmė plėstis, pradėti rengti turgūs ir prekymečiai, veikė pradžios mokykla, 1776 m. pastatytas Švč. Trejybės šventorius. Caro metais kraštą valdė paskirtas generolas N. Moravjovas. Čia jis užaugino sūnų, žinomą Muravjovo koriko vardu. Šiuo metu Stakliškės buvo garsios savo druskų šaltiniais. Vietovę populiarino įsteigtas kurortas šalia mineralinių versmių bei 1890 m. išaugusi alaus darykla.
Dvare globoti amatininkai – veikė audimo fabrikas. Spėjama, kad nuo čia veikusių audimo staklių ir kilo miestelio pavadinimas. Bene svarbiausia Stakliškių įžymybė – Midaus gamykla, pastatyta 1889 m. Čia gaminamas midus buvo atkurtas iš istorinių šaltinių ir sulaukė pripažinimo visoje Lietuvoje bei užsienio valstybėse. Šio krašto apylinkės pasižymi unikalia gamta - Gojaus miške aptiktos net 108 rūšių kerpės, iš kurių penkios yra Lietuvos raudonojoje knygoje.