„Laisvės trajektorijos“ pasakoja apie praėjusio amžiaus antroje pusėje Lietuvos patirtas fizines ir dvasines netektis, apie tremtį, holokaustą, sovietizaciją ir laisvės vilties netekimą. Kita vertus, filmas kalba ne tik apie netektis, bet ir atskleidžia žmonių ryžtą apginti save ir savo įsitikinimus, apie ginkluotą ir neginkluotą pasipriešinimą iki Sąjūdžio ir laisvės susigrąžinimą – Lietuvos nepriklausomybės atkūrimą.
Filme daug nematytų kadrų, ypač iš sovietinių archyvų. Kalbinami Vytautas Landsbergis, Emanuelis Zingeris, Kęstutis Girnius, tragiškų įvykių dalyviai bei liudininkai. Lietuvos kova už laisvę atskleidžiama švedų dokumentalisto, žurnalisto, vertėjo Jono Ohmano lūpomis. J. Ohmanas jau daugelį metų gilinasi į XX amžiaus Lietuvos istorijos paslaptis ir siekia jas pristatyti plačiajai visuomenei.