2003–2004 metais jis taip pat buvo Kauno miesto savivaldybės tarybos narys.
J.S.Paukštys 1967 metais baigė Kauno 5-ąją vidurinę mokyklą, 1973 metais baigė Kauno medicinos institutą, įgijo gydytojo specialybę. 2001 metais baigė Kauno technologijos universitetą ir tapo vadybos mokslo magistru.
Iki mirties jis vadovavo Kauno Raudonojo Kryžiaus klinikinei ligoninei.