Pastaraisiais metais jis dirbo Prezidentūroje. Architektas vadovavo Prezidentūros rūmų restauravimo darbams, taip pat rūpinosi prezidentų rezidencijomis. Jis kartu su architektu Ričardu Stulpinu projektavo bei įrengė ir pirmąją prezidento Valdo Adamkaus rezidenciją Turniškėse, o su naująją prezidente D.Grybauskaite tarėsi dėl jos rezidencijos interjero dizaino.
Prezidentūros ansamblio projekto autorius S.Šimelionis taip pat dirbo su nauja šalies vadovo rezidencija Prezidentūros kiemo pašonėje, todėl domėjosi, kaip įrengtos užsienio šalių vadovų rezidencijos, ypač atidžiai architektas išanalizavo Baltuosius rūmus Vašingtone, JAV prezidento būstą.
Jis spaudai yra sakęs, kad praeitame dešimtmtyje pradėtą Prezidentūros, buvusių generalgubernatoriaus rūmų, ansamblio rekonstrukciją užbaigtų šalies prezidento įkurtuvės rezidencijoje.