Paskutiniais Sovietų Sąjungos egzistavimo metais L.Abalkinas vadovavo vyriausybinei komisijai ekonomikos reformai įgyvendinti. Komisija rengė SSRS perėjimo nuo komandinės administracinės ekonomikos prie rinkos modelio variantus. 1989 metais L.Abalkinas tapo Ministrų tarybos pirmininko pirmuoju pavaduotoju Nikolajaus Ryžkovo vyriausybėje.
L.Abalkino parengtos reformos nebuvo realizuotos. 1990 metais jis paliko premjero pavaduotojo postą, o 1991 metais sudaryta nauja vyriausybė, kuriai vadovavo Jegoras Gaidaras, sukritikavo akademiko projektus.
Nuo 1991 iki 2005 metų L.Abalkinas buvo Mokslų akademijos Ekonomikos instituto direktorius. Iki paskutinių gyvenimo dienų akademikas dirbo šio instituto moksliniu vadovu ir buvo Maskvos valstybinio universiteto Ekonominių ir socialinių problemų katedros vedėjas.