55 metų A.Vitkauskas Vilniaus inžineriniame statybos institute (dabar Vilniaus Gedimino technikos universitetas) įgijo civilinės inžinerijos magistro laipsnį. Nuo 1996 metų dvejus metus dirbo ne pelno organizacijos Būsto kreditavimo fondas generaliniu direktoriumi.
Vėliau šešerius metus ėjo generalinio direktoriaus pareigas Viešojoje įstaigoje Būsto ir urbanistikos plėtros fonde, nuo 2003 metų – Viešosios įstaigos Centrinės projektų valdymo agentūros direktoriaus pareigas.
2006 metais Aloyzas Vitkauskas laimėjo konkursą ministerijos sekretoriaus pareigoms užimti, kurias ėjo iki liepos 1 dienos.