Nuo 2009 metų rugpjūčio 1 dienos AB „Mažeikių nafta“ generalinio direktoriaus ir valdybos pirmininko pareigas eis Krystianas Pateris – nuo 2006 metų gruodžio mėnesio AB „Mažeikių nafta“ valdybos narys ir PKN Orlen valdybos narys naftos produktų gamybai.
Marekas Mroczkowskis vadovavimo metu Bendrovė, po 2006 metais spalį gaisro nuniokotos vakuuminio distiliavimo įrenginio kolonos atstatymo, atkūrė naftos perdirbimo pajėgumus bei atliko didžiausią savo istorijoje kapitalinį remontą. 2008 ir 2009 metais svarbiausios investicijos buvo abiejų dyzelino hidrovalymo įrenginių modernizacija ir naujojo vandenilio gamybos įrenginio statyba.
Bendrovė pradėjo restruktūrizaciją ir atskyrė nuo savo pagrindinės veiklos, t.y. naftos perdirbimo produktų gamybos, sritis tiesiogiai nesusijusias su šia veikla, pvz. medicinos, patalpų valymo bei elektros įrangos ir remonto paslaugas.