Įstatymo pataisomis nuo 2012 m. atsisakoma reikalavimo atliekų tvarkytojui, turinčiam Valstybinės aplinkos apsaugos inspekcijos išduotą pavojingų atliekų tvarkymo licenciją, papildomai gauti farmacinių atliekų tvarkymo, išskyrus šalinimą, licenciją. Taip bus atsisakyta dabar galiojančios dvigubo licencijavimo šioje srityje sistemos. Vaistinius preparatus, kaip ir kitas pavojingas atliekas, vadovaujantis Atliekų tvarkymo įstatymo nuostatomis, galės tvarkyti tik įmonės, turinčios pavojingų atliekų tvarkymo licenciją.
Siekiant farmacines atliekas tvarkytis tinkamai ir laiku, įstatymo pakeitimais nutarta nustatyti, kad juridinis asmuo, kurio veikloje susidaro farmacinių atliekų, šias farmacines atliekas turi tvarkyti Lietuvos Respublikos atliekų tvarkymo įstatymo ir kitų teisės aktų nustatyta tvarka.
Farmacijos įstatymo pakeitimais taip pat įtvirtinama, kad visuomenės vaistinės ir gamybinės visuomenės vaistinės privalės iš gyventojų nemokamai priimti naikintinus vaistinius preparatus, veterinarijos vaistinės – naikintinus veterinarinius vaistus. Už surinktų iš gyventojų farmacinių atliekų tvarkymą bus apmokama iš atitinkamoms institucijoms, atsakingoms už įstatymo įgyvendinimą, valstybės biudžete patvirtintų bendrųjų asignavimų.
Šiuo metu farmacines atliekas gali tvarkyti tik įmonės, turinčios Valstybinės aplinkos apsaugos inspekcijos išduotą pavojingų atliekų tvarkymo licenciją ir Valstybinės vaistų kontrolės tarnybos prie Sveikatos apsaugos ministerijos išduotą farmacinių atliekų tvarkymo, išskyrus šalinimą, licenciją.