Naujos Vilniaus kuro bazės statyba prasidėjo 2011 m. rugpjūtį, senos bazės teritorijoje. Šiuo metu jau atlikti visi statybos ir teritorijos tvarkymo darbai, su pagrindiniu statybos rangovu pasirašytas galutinis atliktų darbų aktas. Valstybinė komisija pasirašė statybos užbaigimo aktą. Vilniaus kuro bazės modernizacijos darbų, vykdytų AB „Lietuvos geležinkeliai“ lėšomis, vertė – beveik 9 mln. litų be PVM.
Iki rekonstrukcijos 1,12 ha. plote buvo trys antžeminės cilindrinės talpyklos (1000 ir dvi po 2000 kub. m.). Dvejose iš jų (1000 ir 2000 kub. m.) bendrovės traukos riedmenims aptarnauti buvo saugomas dyzelinas, dar viena 2000 kub. m. tūrio talpykla, skirta mazuto saugojimui, buvo nenaudojama jau apie 30 metų. Po žeme buvo apie 20 rezervuarų, kurių tūris nuo 20 iki 50 kub. m.. Juose buvo saugomos traukos riedmenų mazgų ir agregatų alyvos bei tepalai.
Nauja statyba prasidėjo nuo ardymo – demontuoti visi antžeminiai dyzelino rezervuarai, dauguma pastatų, taip pat požeminiai alyvai bei tepalams saugoti skirti rezervuarai, visi technologiniai įrenginiai, požeminės komunikacijos ir geležinkelio kelias. Metaliniai įrenginiai degazuoti, išvalyti, supjaustyti ir priduoti į metalo laužą. Taip pat nukasta ir išgabenta utilizuoti apie 1300 m3 naftos produktais užteršto grunto, taip atstatant Vilniaus bazes teritorijos ekologinę būklę.
Atsižvelgus į tai, kad atnaujinus traukos riedmenų parką pastaraisiais metais ženkliai sumažėjo degalų, alyvų ir tepalų poreikis, po rekonstrukcijos Vilniaus kuro bazės pajėgumai tapo mažesni. Atsisakyta požeminių alyvos, tepalų ūkių, reikalaujančių didelių elektros sąnaudų. Pereita prie tiekimo iš 1 m3 tūrio konteinerių ir kitos mažesnės saugojimo taros, talpinant ją antžeminiuose apšildytuose konteineriuose. Dyzelino tiekimui įrengta kompaktiška, moderni ir ekonomiška antžeminė siurblinė. Atnaujinti visi naftos produktų išdavimo įrenginiai. Minėti naftos produktų saugojimo ir išdavimo principai leido pasiekti stulbinamų rezultatų – elektros energijos sąnaudos Vilniaus kuro bazėje sumažintos iki 80 proc.
Šiuo metu Vilniaus kuro bazėje įrengti šeši požeminiai (kiekvieno talpa – 83 kub. m.) rezervuarai su dvigubomis sienelėmis, automatine sandarumo kontrolės sistema ir degalų apskaitos bei matavimo prietaisais. Taip pat pakloti nauji elektros, automatikos, naftos produktų tiekimo, gamybiniai, paviršinių nuotekų tinklai, statinių vidaus tinklai.