Nuo 2021 m. – Švietimo, mokslo ir sporto ministerijoje (ŠMSM) skaitmenizacijos projektų vadovė. J. Kugytė beveik 4 metus vadovavo suaugusiųjų programavimo mokyklai „Kaunas Coding School“. Ji taip pat yra dirbusi valstybės įmonėje „Vidaus vandens kelių direkcija“, ėjusi Strateginio planavimo skyriaus viršininkės pareigas.