Lietuvos ambasada Japonijoje buvo įsteigta 1998 metų pabaigoje, remiantis Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1998 m. birželio 30 d. nutarimu Nr. 810 „Dėl Lietuvos Respublikos diplomatinės atstovybės Japonijoje įsteigimo“ (Žin., 1998, Nr. 61-1757). Pirmuoju Lietuvos diplomatu Japonijoje paskirtas D. Kamaitis, kuris tapo laikinuoju reikalų patikėtiniu ir atvyko į Tokiją 1998 m. lapkričio 23 d.