Kartu su Lietuvos Nepriklausomybės atgavimo sąjūdžiu atgimė ir Lietuvos žydai. Žydų mokyklos atkūrimas tapo Lietuvos žydų kultūros draugijos (LŽKD) pagrindiniu uždaviniu, kurį įgyvendinant aktyviai dalyvavo LŽKD pirmininkas E.Zingeris, J.Traupianskis (tuometinis žydų organizacijos SOHNUT atstovas Lietuvoje), S.Zibucienė, S.Lapickaja (žydų mokytojų asociacijos „Bildung“ aktyvistai), S.Levinas (pirmasis žydų mokyklos direktorius), M.Vildžiūnienė, M.Jakobas.
Žydų mokykla pradėjo veikti 1989 m. spalio 2 d. Iš pradžių žydų bendruomenės nariai vakarais mokėsi jidiš, hebrajų kalbų, žydų istorijos ir tradicijų, o sekmadieniais jaunimas organizavo žydų šventes, rengė diskotekas. Pirmasis mokyklos direktorius buvo S.Levinas.
Vadovaujant direktoriui M. Jakobui, 1991 m. ši mokykla tapo dienine pradine, vėliau – Vilniaus Šolom Aleichemo vidurine mokykla.
2015 m. rugsėjį mokykla pasitiko savose patalpose Kraševskio gatvėje.