Saulius Stripeika 2005 metų vasario 28-ąją paskirtas Valstybės sienos apsaugos tarnybos vadu. S.Stripeikos antrajai kadencijai nutarta neskirti.
2010 metais buvo paskirtas Vidaus reikalų ministerijos patarėju įvertinus jo patirtį.
2013 – 2014 metų liepą S.Stripeika dirbo teisingumo viceministru.
Įsidarbino kuruotame Registrų centre ir taip pažeidė Viešųjų ir privačių interesų derinimo valstybinėje tarnyboje įstatymą.