Ministerijos teigimu, trakėnų žirgų veislė turi didžiulį genetinį potencialą. Nelikus valstybiniuose žirgynuose šios veislės bandų, būtų padaryta ekonominė, mokslinė, ekologinė, kultūrinė ir istorinė žala Lietuvai. Jau nuo 2001 metų atliekama šios senojo genotipo veislės žirgų stebėsena ir genealoginis vertinimas, o tai prilygsta dalyvavimui programoje, į kurią trakėnų veislė jau įtraukta. Negalima nutraukti dešimtmečiais vykdyto darbo ir naikinti veislinių žirgų.
Komentuodama auditorių pastabas dėl neteisėto darbuotojų atleidimo, ministerija pažymi, kad 2009 m. Lietuvos valstybinio žuvivaisos ir žuvininkystės tyrimų centre (LVŽŽTC), kaip ir visoje žemės ūkio sektoriaus sistemoje, vyko įstaigų struktūrinių pertvarkymai. Panaikinti visi administracijos struktūriniai padaliniai, trys filialai ir trys generalinio direktoriaus pavaduotojų pareigybės: generalinio direktoriaus padėjėjo, generalinio direktoriaus patarėjo, vyr. auditoriaus. Toks struktūrinis pertvarkymas buvo neatsiejamai susijęs su darbuotojų skaičiaus mažinimu. Etatų skaičius buvo sumažintas 76 etatais. Dėl darbuotojų atleidimo buvo konsultuotasi su Valstybine darbo inspekcija, Lietuvos darbo birža, darbuotojai buvo atleisti pagal Darbo kodekso normas. Priimant sprendimus dėl darbuotojų atleidimo, nebuvo pažeista jokių privalomų elgesio taisyklių, nustatytų teisės aktuose ar pareiginėse instrukcijose, o atleidimo procedūros buvo vykdomos laikantis teisės aktų nustatytų reikalavimų.
Valstybės kontrolė antradienį pareiškė, kad Žemės ūkio ministerija neišvengė klaidų skirstydama programų pinigus ir atlikdama viešuosius pirkimus, o jai pavaldi įstaiga Žuvininkystės tarnyba neteisėtai atleido darbuotojus, kuriems vėliau turėjo išmokėti priteistus pinigus, teigia Valstybės kontrolė, atlikusi Žemės ūkio ministerijos finansinį (teisėtumo) auditą ir įvertinusi valstybės lėšų ir turto valdymo, naudojimo, disponavimo jais teisėtumą.
Pasak valstybės kontrolierės Giedrės Švedienės, valstybės auditoriai nustatė, kad 2010 m., reorganizuojant Lietuvos valstybinį žuvivaisos ir žuvininkystės tyrimų centrą ir prijungiant jį prie Žuvininkystės tarnybos, dalis darbuotojų buvo atleisti iš pareigų. Keturi darbuotojai teismų sprendimais pripažinti atleisti neteisėtai, todėl jiems už priverstines pravaikštas priteista išmokėti vidutinį darbo užmokestį. Žuvininkystės tarnyba, vykdydama teismo sprendimą ir išmokėdama šiems darbuotojams pinigus, patyrė beveik 200 tūkst. Lt žalą. Šios lėšos turėjo būti panaudotos Žvejybos kontrolės ir žuvų išteklių išsaugojimo programos tikslams.
Valstybės kontrolės sprendime taip pat nurodoma, kad Žemės ūkio ministerija skyrė per 1,1mln. Lt iš Lietuvos ūkinių gyvūnų genetinių išteklių išsaugojimo programos trakėnų veislės žirgams išlaikyti. Šioje programoje šios veislės žirgus remti nebuvo numatyta, jie nepriskirti saugotinų Lietuvos genofondinių ūkinių gyvūnų veislėms.
Valstybės kontrolė žemės ūkio ministrą įpareigojo nurodytus pažeidimus padariusius asmenis patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn ir išieškoti padarytą žalą.
Dėl Žemės ūkio ministerijos 2011 m. konsoliduotųjų finansinių ataskaitų rinkinyje padarytų reikšmingų klaidų pareikšta neigiama nuomonė.
