Kryžių kalno papėdėje medinė koplyčia buvo pastatyta 1993 metais ruošiantis Jono Pauliaus II vizitui. Nors koplyčia buvo statoma kaip laikinas statinys, ji liko stovėti ir po popiežiaus apsilankymo.
Neprižiūrima ir nenaudojama koplyčia sunyko. Šį avarinės būklės statinį buvo nuspręsta nugriauti.
Dėl Kryžių kalno koplyčios, kuri per keliolika metų tapo kraštovaizdžio dalimi, išsaugojimo ėmė rūpintis šio architektas Algimantas Jukna.
2011 metais nykstanti koplyčia buvo įrašyta į Nekilnojamojo kultūros paveldo registrą. Tačiau neatsiradus pinigų koplyčios remontui, ji kelerius metus prastovėjo aptverta apsauginėmis juostomis.
Koplyčios rekonstrukcija ėmė rūpintis jos autorius architektas A.Jukna ir Šiaulių rajono valdžia.
A.Jukna 2013 metais parengė koplyčios techninį projektą, o iš Šiaulių rajono savivaldybės biudžeto rekonstrukcijai buvo skirta 12 tūkstančių litų.
Šių pinigų pasirodė per maža. Koplyčios rekonstrukcija, teritorijos sutvarkymas, apšvietimo įrengimas kainavo apie 55 tūkstančius eurų. Lėšas darbams skyrė Šiaulių rajono savivaldybė.
Rekonstruojant koplyčią buvo pakeistas stogas ir supuvusios grindys. Statiniui pasirinktos geresnės medžiagos. Pavyzdžiui, grindys sudėtos iš kedro lentų, todėl jos turėtų laikyti 20–30 metų.
Koplyčia po rekonstrukcijos liko tokia pati, kokia buvo pastatyta, tik nudažyti ją nuspręsta tamsesnės spalvos dažais, kad statinys labiau įsilietų į Kryžių kalno kontekstą.
Koplyčioje šv. mišias aukosiantiems dvasininkams bei pasimelsti užsuksiantiems tikintiesiems kol kas teks susitaikyti su čia košiančiais skersvėjais.
Norint pažaboti skersvėjus, tektų įrengti stiklo atitvarus, o tam dar prireiktų apie 10 tūkstančių eurų.
