Jis taip pat buvo Lietuvos atstovas ryšiams Europos kosmoso agentūroje, nuo 2005-ųjų metų – Aeronautikos tyrimų Europoje patariamojoje taryboje ir Europos Sąjungos aeronautikos technologijų platformoje.
J. Stankūnas yra parašęs daug mokslinių knygų, straipsnių, apdovanotas mokslo ir kitomis premijomis.
J. Stankūno svarbiausi moksliniai darbai – iš matavimų ir metrologijos, transporto inžinerijos, aviacijos technologijos, aviacijos sistemos plėtros.
Paskelbė daugiau kaip 150 mokslinių straipsnių, 14 išradimų.
