J.C.Navarro kartu su Pau Gasoliu yra „Auksinių berniukų“ lyderis. Jų pergalingas kelias prasidėjo 1988 metų Europos jaunimo (iki 18 metų) čempionate, kur jie iškovojo auksą. Jau kitais metais ispanai nukovė JAV rinktinę ir laimėjo jaunimo (iki 19 metų) pasaulio čempionatą, rašo eurohoops.net.
J.C.Navarro vyrų rinktinėje debiutavo 2000-aisiais. Jis rinktinėje žaidė visada, išskyrus 2013 ir 2015 metų Europos čempionatuose, kai negalėjo prisijungti dėl traumų.
2006 metais J.C.Navarro su Ispanijos rinktine laimėjo pasaulio čempionatą. Jis taip pat su ispanais iškovojo du olimpinius sidabro medalius (2008, 2012), vieną bronzą (2016). 2009 ir 2011 metais Ispanija laimėjo Europos krepšinio čempionatus, o 2003 ir 2007 metais – sidabro medalius.
