Antrajame etape dalyvauja keturios komandos, įveikusios pirmąjį etapą. Kėdainių „Nevėžis“ lapkričio 13 dieną savo aikštėje priims Utenos „Juventus“ krepšininkus. Susitikimas prasidės 19 val. Atsakomosios rungtynės vyks Utenoje lapkričio 21 dieną 18.30 val.
Prienų „Skycop“ ir Alytaus „Dzūkijos“ pirmas susitikimas vyks lapkričio 14 dieną 18.30 val. Prienuose, atsakomosios rungtynės – lapkričio 22 dieną 19.15 val. Alytuje.
Geresnį rezultatą per abejas tarpusavio rungtynes pasieksianti komanda iškops į Karaliaus Mindaugo taurės turnyro ketvirtfinalį.
Vietas ketvirtfinalyje automatiškai užsitikrino šešios geriausios praėjusio sezono Lietuvos krepšinio lygos (LKL) komandos.
Keturios stipriausios (Kauno „Žalgiris“, Vilniaus „Rytas“, Klaipėdos „Neptūnas“ ir Panevėžio „Lietkabelis“) pateks į pirmąjį krepšelį, kitos keturios („Šiauliai“, Pasvalio „Pieno žvaigždės“ ir dvi antrojo etapo nugalėtojos) pateks į antrąjį krepšelį. Ištraukus burtus komandos bus suporuotos ir ketvirtfinalyje žais dvejas rungtynes sausį ir vasarį.
Karaliaus Mindaugo taurės finalo ketverto turnyras vyks 2019 metų vasario 16-17 dienomis. Finalo ketverto vieta dar nepaskelbta.
