Valstybės kontrolė atkreipia dėmesį, kad iš laisvųjų ekonominių zonų valdymo bendrovių nereikalaujama tinkamų rezultatų bei atskaitingumo, nors joms suteikta išskirtinė teisė lengvatinėmis sąlygomis nuomotis ir valdyti teritoriją, kurioje nustatomos specialios palankios ekonominės ir teisinės veiklos sąlygos. Tai neskatina valdymo bendrovių siekti didesnių investicijų, naujų darbo vietų kūrimo ir kitų Lietuvos ekonomikai svarbių rodiklių.
Statistika nurodo, kad iki 2012 m. gegužės pabaigos buvo pasirašyta 16 sutarčių su investuotojais, kurie išsinuomojo 57 ha pramoninių parkų teritorijos ir numatė investuoti į ją 236 mln. litų bei sukurti 407 darbo vietas. Vis dėlto šiuo metu investuota tik 9 mln. litų ir sukurta 14 darbo vietų. Realiai veikia tik du investuotojai Šiauliuose ir Kėdainiuose. Viena pagrindinių tokios padėties priežasčių yra ta, kad pramoninių parkų steigimas ir veikla nėra pakankamai reglamentuoti, o jų veiklą organizuojančios savivaldybės tam skyrė nepakankamai žmogiškųjų išteklių ir dėmesio.
Audito metu nei Vyriausybė, nei valstybinę laisvųjų ekonominių zonų priežiūrą atliekanti Ūkio ministerija negalėjo pateikti zonų steigimo konkurso dokumentų. Taigi valstybė šiuo metu neturi visų duomenų apie šalių prisiimtus įsipareigojimus ir verslo planuose numatytus zonų vystymo planus, be kurių laisvųjų ekonominių zonų steigimo sutarčių vykdymas negali būti vertinamas. Auditorių nuomone, Ūkio ministerija netinkamai vykdo valstybinę laisvųjų ekonominių zonų priežiūrą ir nepakankamai domisi veiklos rodikliais ir jų efektyvumu.
Audito metu nustatyta, kad pastaruoju metu į laisvųjų ekonominių zonų teritoriją įtraukiami ir privatūs žemės sklypai, kurių valstybė neketina išpirkti ir teisės aktai tokio modelio nereglamentuoja.
Valstybės kontrolė, pastebėjusi neefektyvumo bei aplaidumo aspektus, rekomendavo Vyriausybei patvirtinti aiškius tolesnio valstybės investavimo į laisvųjų ekonominių zonų infrastruktūros vystymą kriterijus ir rodiklius. Be to, Ūkio ministerijai rekomenduota laisvųjų ekonominių zonų valdymo bendrovėms nustatyti konkrečius įpareigojimus dėl jų plėtros bei veiklos rezultatų ir numatyti atsakomybę už jų nevykdymą, inicijuoti pramoninių parkų veiklos ir valdymo reglamentavimą.
Kaune ir Klaipėdoje jau septyniolika metų veikia dvi laisvosios ekonominės zonos. Nuo 2005 m. pradėti vystyti aštuoni pramoniniai parkai, iš kurių penkis, esančius Naujojoje Akmenėje, Marijampolėje, Šiauliuose, Kėdainiuose ir Panevėžyje, 2011-2012 m. taip pat nuspręsta pertvarkyti į laisvąsias ekonomines zonas. Į šių pramoninių teritorijų vystymą valstybė investavo 160 mln. litų.
