Jo 35 metų žmona Megan Everett penktadienį Stokholme pagimdė jųdviejų antrąjį vaiką.
Filmo „Keršytojai“ žvaigždė turi šešis kitus vaikus iš 30 metų gyvavusios santuokos su gydytoja My Skarsgard.
Tarp jo atžalų - aktorius Alexander'as Skarsgardas, vaidinantis televizijos seriale „Tikras kraujas“ ir sukūręs vaidmenį filme „Šiaudiniai šunys“.
Stellanas susituokė su M. Everett 2009 metais, o jų pirmasis sūnus Ossianas gimė tų metų balandį.